Identification individuelle par séquençage d’une bactérie et d’une moisissure présentes en mélange

Notre système d’identification permet d’identifier les microorganismes sur la base du séquençage génétique de leur ADN. Un problème se pose pour certains prélèvements comprenant des moisissures en mélange avec des bactéries car il est souvent difficile de les isoler pour procéder à leur identification.

Nous avons pu démontrer que le prélèvement de colonies de moisissure et de bactérie en mélange pour une identification individuelle de la bactérie ou de la moisissure n’altère pas les résultats des identifications individuelles. Il est par conséquent possible d’identifier par séquençage ADN un seul microorganisme présent au sein d’un mélange de deux microorganismes quand celui-ci est constitué d’une bactérie et d’une moisissure.

Introduction
Le système Analyseur génétique permet d’identifier les microorganismes (bactéries, levures, moisissures) sur la base du séquençage génétique de leur ADN. Les résultats générés sont indépendants de variables telles que le type de milieu de culture, les conditions de croissance du microorganisme, l’âge de la culture mais requièrent selon notre mode opératoire une culture pure.

Un problème se pose pour certains prélèvements présentant des moisissures : celles-ci sont parfois présentes sur les prélèvements en mélange avec des bactéries, ce qui rend difficile leur isolement préalable à identification.

L’analyse de la séquence d’ADN est basée sur un gène spécifique, universel et propre à chaque type de microorganismes, le gène 16S pour les bactéries et le gène D2LSU pour les moisissures et les levures.

L’objectif de cette étude a été d’évaluer la possibilité d’identifier un seul type de microorganisme à partir d’un mélange de deux types de microorganismes dont l’un est une moisissure et l’autre une bactérie.

Mode opératoire
Les différents microorganismes, en culture pure et en mélange, sont identifiés au cours de plusieurs « runs » indépendants afin de valider la méthode.

Les tests suivants ont été réalisés :

  • Identification individuelle de chaque microorganisme testé en culture pure afin d’avoir un contrôle individuel d’identité ; cette identification nous permet d’effectuer un comparatif avec l’identification obtenue lors du traitement des mélanges de microorganismes.
  • Préparation de mélanges bactérie-moisissure par ensemencement sur gélose d’une colonie de bactérie et d’une colonie de moisissure.

Après incubation et croissance franche des deux microorganismes, identification des microorganismes en mélange

  • avec la méthodologie d’identification propre aux bactéries afin d’identifier la bactérie présente dans le mélange,
  • avec la méthodologie d’identification propre aux moisissures afin d’identifier la moisissure présente dans la mélange.

 

Résultats analytiques
Pour chaque série d’identification, plusieurs analyses consécutives sont réalisées.
Les résultats des identifications obtenus au cours de ces différentes analyses sont identiques.

 

 

Interprétation / conclusion
Pour chaque souche testée, les critères individuels de validité et d’acceptation obtenus sont très proches si l’on compare les valeurs des identifications des souches isolées et celles des souches en mélange. Ils sont conformes à nos critères en vigueur dans notre laboratoire.
Les résultats des identifications obtenus pour les séries analytiques consécutives et pour les six microorganismes en mélange sont identiques à ceux obtenus lors des identifications individuelles.
Le prélèvement de colonies de moisissures et de bactéries en mélange n’altère pas les résultats des identifications individuelles. Il est par conséquent possible d’identifier individuellement une moisissure et une bactérie non isolables lors du traitement d’un mélange de ces deux microorganismes.

 

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Séverine HOPFNER – LILLY FRANCE

hopfner_severine@lilly.com

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